頻譜儀最大的特點就是利用其強大的軟件功能來彌補其硬件設計上的不足，不僅減少了硬件設計，而且還減少了硬件的調試環節。

儀器設備內部計算機設有三個常用校準程序：頻率校準、幅度校準和預選器(YTF)校準。

當頻譜儀經過振動、運輸、長時間放置或大的環境溫度變化時，頻譜儀頻率調諧會發生變化，產生頻率測量誤差，嚴重時會出現測量信號左右晃動的現象，通過頻率校準可以排除該現象。校準的過程主要是以300MHz信號為參考信號，對頻譜儀的掃描時間、中心頻率、跨度(掃寬)、YIG主線圈延遲、副線圈靈敏度、掃頻靈敏度進行誤差校準，使頻譜儀頻率調諧范圍正常。

校準方法是：用頻率/幅度校準電纜，將校準信號(CALOUTPUT)接入頻譜儀的信號輸入端。按【CAL】〔CALFREQ〕，頻譜儀進入頻率校準程序。校準結束后，屏幕上出現“CALDONE”信息，按〔CALSTORE〕鍵將校準數據存儲在儀器設備的E2PROM中。

2、幅度校準

與頻率校準一樣，當頻譜儀測量幅度準確度發生變化時，通過幅度校準程序可以使儀器設備滿足出廠指標，過程主要是以300MHz信號為參考信號，對頻譜儀的整個通道幅度、分辨帶寬濾波器、對數放大器、以及輸入衰減器等幅度進行誤差測量并校正。

校準方法是：用頻率/幅度校準電纜，將校準信號(CALOUTPUT)接入頻譜儀的信號輸入端。按【CAL】〔CALAMP〕，頻譜儀進入幅度校準程序。校準結束后，屏幕上出現“CALDONE”信息，按〔CALSTORE〕鍵將校準數據存儲在儀器設備的E2PROM中。

預選器的掃頻和跟蹤是頻譜儀諧波波段的關鍵。該設備設計上采用了和第一本振相互獨立的驅動電路，對各波段分別校準和驅動。在頻譜儀快掃、慢掃、跨波段掃時，對第一振蕩器和預選器的磁滯、延遲進行補償，大大地改善了YTF的跟蹤特性。

如果頻譜儀在諧波波段上有5dB或更大的幅度誤差，往往是儀器設備放置時間較長，環境溫度變化較大所造成的。預選跟蹤器不良會造成幅度測量誤差，甚至測不到信號，這個時候應該進行YTF校準。

校準方法是：用YTF校準電纜，將100MHz梳狀波(COMB)信號接到頻譜儀的RF輸入端。按【CAL】〔CALYTF〕，頻譜儀進入YTF校準程序。校準結束后，屏幕上出現“CALDONE”信息，按〔CALSTORE〕鍵將校準數據存儲在儀器設備的E2PROM中。

如果在校準期間退出或校準不能完成出現錯誤信號，按〔CALFETCH〕取回校準數據。這時儀器將需要重新調整和修理。